Ένας ανυπολόγιστης αξίας θησαυρός σε εκκλησίες (πάνω από 300 βυζαντινές), ξωκκλήσια και σημαντικά μοναστήρια βρίσκονται διασκορπισμένα στο Νομό Χανίων.
Εδώ μπορεί κάποιος να βιώσει ανεπανάληπτο θρησκευτικό τουρισμό ή να διεξάγει έρευνες σχετικά με την βυζαντινή τέχνη ή την θρησκευτική αρχιτεκτονική.
Θαυμάσιες εκκλησίες με εξαιρετικές τοιχογραφίες, εν μέρει από μαέστρους της βυζαντινής αγιογραφίας, όπως πχ. του Ι. Παγωμένου, καταδεικνύουν την σπουδαιότητα αυτού του τόπου.
Ο επισκέπτης μπορεί εκτός των άλλων να επισκεφθεί την εκκλησία του Αγίου Γεωργίου στους Κομιτάδες Σφακίων (1314), τον Άγιο Νικόλαο στην Μονή Σελίνου (1315), τον Αρχάγγελο Μιχαήλ στα Καβαλαριανά Κανδάνου (1328), την Μητέρα του Θεού στο Κακοδίκι Σελίνου (1332), την εκκλησία του Αγίου Νικολάου στα Κυριακοσέλια, την Ροτόντα στην Επισκοπή Κισσάμου, την Μητέρα του Θεού στον Στύλο (12 αι.), την Βασιλική από την α΄ βυζαντινή περίοδο στην Σούγια και πολλές άλλες.
Στην περιοχή Χανίων βρίσκονται και πολλά σπουδαία μοναστήρια.
Μερικά από αυτά είναι η Αγία Τριάδα Τζαγκαρόλων και το Γουβερνέτο στο Ακρωτήρι, η Μονή Γωνιάς στο Κολυμπάρι, η Μονή Χρυσοσκαλίτισσας κόντα στο Ελαφονήσι και το γυναικείο μοναστήρι της Χρυσοπηγής στις Μουρνιές.