Η διαμόρφωση του εδάφους και το κλίμα καθιστούν την περιοχή των Χανίων παράδεισο για χιλιάδες φυτά και ζώα.
Τα κρινάκια της θάλασσας, το λάβδανο, τα κυκλάμινα, οι κρητικές τουλίπες, το σφενδάμι και κυρίως τα μοναδικά δίκταμος και μαλοτύρα, με τη ματζουράνα, που αποτελούν ιαματικά βρασταρόχορτα, είναι άφθονα.
Στο οροπέδιο του Ομαλού βρίσκει κανείς το σταμναγκάθι.
Αποξηραμένα ή φρεσκοκομμένα, μπορεί κανείς να βρει τα σπουδαιότερα από τα θεραπευτικά βότανα και χόρτα στην Δημοτική Αγορά και στις λαϊκές αγορές.
Συνολικά συναντάμε πάνω από 1742 ενδημικά φυτά της Κρήτης, εκ των οποίων το 10% βρίσκεται αποκλειστικά στο Νομό Χανίων.
Το περήφανο κρητικό αγρίμι ζει ελεύθερο μόνο στο φαράγγι της Σαμαριάς.
Εκεί, αλλά και αλλού, μπορεί κανείς να δει τον σπιζαετό, τον χρυσαετό ή βιτσίλα, τον γυπαετό ή κοκκαλά, το όρνιο ή καναβό.
Πέρδικες, ζουρίδες, ασβούς, νυφίτσες, λαγούς, γεράκια κ.α. συναντά κανείς στην ύπαιθρο.
Επίσης, γίνεται προσπάθεια εύρεσης προστατευτικού χώρου για τις χελώνες caretta-caretta στις βορεινές παραλίες του Νομού.